801艇上，大家都进入枯燥但严谨的远航生活，各自牵挂着自己的家人、爱人。潜艇进入预定航道，开始了一系列的测试和实验。在不断的测试过程中，五舱出现了液压系统故障，卢一涛报告说航行一切正常。尚堂(王阳 饰)主动请缨到五舱查看情况，发现出了液压系统受到海底高压的影响出了故障，其他一切正常。周艇长让尚堂及时抢修，注意操作安全。周艇长对大家说鼓气，说五舱出现故障说明801艇还是存在一些隐患，但是要大家坚定信心，相信自己身边的战友，心怀祖国，一定完成好这次深潜实验任务。801艇成功到达五号海域，五舱的液压系统已经抢修好，这时鹿宁(韩宇辰 饰)发现了海面上不明舰体的航行噪音。周艇长指挥着大家下潜，向不明舰体发生了鱼雷干扰弹，不明舰体终于渐渐的远离。大家都高兴不已，801艇慢慢的浮出了水面。周艇长将卢一涛带到了潜艇上，看着茫茫的大海，周艇长问卢一涛有什么想法。卢一涛说一望无际的大海，周艇长说大海是有尽头的，只要一直按照航线一直向前。卢一涛说自己只要看到大海，就觉得吕艇长在自己身边。周艇长说接下来的长航会考验大家的欲望和耐力，要卢一涛在适当的时间把信息传达给大家。长航十五天，姜耀开始情绪急躁，大家都以为他是想小夏了，但是韩冰洋状态还不错。卢一涛说长时间的航行焦躁是正常的，姜耀死不承认。卢一涛和韩冰洋一唱一和的说一跳潜艇就是一个人，潜艇上的所有人都是血脉相连。长航二十五天，卢一涛告诉陈政委习楠已经一天没有吃东西了，陈政委说长航出现厌食是正常的，让卢一涛带习楠去餐厅。卢一涛将金子晴的第一封信拿给政委，政委让卢一涛自己打开。晚餐时间，习楠还是不想吃饭，这时，政委的声音在广播里响起，政委充分肯定了大家这段时间艰苦耐劳的精神，说自己给大家准备了一份礼物，让大家好好聆听来自龙宫的深海之音。韩冰洋的琴声随着广播温柔的安抚了所有人的内心，习楠开始吃饭了，卢一涛松了一口气。长航五十天，鹿宁开始严重失眠，两天两夜没合眼。尚堂问他是否听过音乐，卢一涛说韩冰洋的手都快拉断了，还是没有任何的效果。在尚堂的提示下，卢一涛拿出了金子晴的第二封信，上面只有一个字：动。尚堂和卢一涛带着大家做运动，运动后鹿宁进入了香甜的梦乡。卢一涛和尚堂进行着较量，卢一涛将金子晴最后一封信交给了尚堂。尚堂问卢一涛这么选择会不会后悔，卢一涛说人生都是一个选择接着一个选择，但是自己绝不后悔。尚堂说那要是以后自己和金子晴有任何的发展，也希望卢一涛不要后悔。司令将金子晴和沈文叫到办公室，说这次长航因为条件不允许所以没有让她们去，现在让他们去801艇即将到达的目标港口，在方舟号医疗船上为他们进行一次全面的体检和心理评估。两人保证一定完成任务。长航九十天，当周艇长宣布了这个九十天已经打破了中国海军长航的记录时，大家高兴不已。周艇长说大家都承认了巨大的压力，同样的机器设备也是一样的，越是这种极限的时候，机器设备出现故障的几率就越大，需要大家继续保持高度的注意。同时周艇长宣布了801艇即将停靠目标港口进行补给和维修，所有的官兵都将分批接受身体检查和心里评估。高迪(张家鼎 饰)一高兴，撞在桌子上把脑袋撞伤了，周艇长吩咐明天一靠港就把他送上去接受治疗。在经过了九十天的长航后，大家终于第一次感受到了阳光照耀在身上的温暖。大家分开进行身体检查。金子晴和卢一涛在电梯遇到，卢一涛说自己一切良好。姜耀找到金子晴，说自己这次长航是一个很特别的体验，出发前先写好自己的遗书，明明自己还活在这个世界上，但是已经安排好自己以后的生活。姜耀将自己和父母关系的不好的事情告诉了金子晴，说自己发现最担心的其实就是父母和小夏。金子晴让他回去后就和父母和好，只要是他开口，父母一定很高兴的。金子晴找到尚堂，让他等着晚上结束工作后来找自己。尚堂高兴不已，被治疗的医生调侃。鹿宁借口自己胸闷想要沈文给自己检查一下，被韩冰洋不留情面的拆穿了。高迪躺在病床上，沈文来看他，两人发现是老乡，相谈甚欢，不料被席楠中途截胡，把沈文带走了，高迪郁闷不已。席楠说自己在长航的最后都快忘了怎么表达了，但是现在就想把三个月都没有说的话全部说完，沈文笑着说洗耳恭听。